Spørsmålet er om styret ved en UH-institusjon skal ha en ekstern leder, eller om rektor skal være både daglig leder og styreleder. Dette er løst på forskjellige vis i dag, men Aune-utvalget foreslår at alle skal ha ekstern styreleder. For UH-sektoren er dette et viktig spørsmål fordi det i realiteten handler om institusjonene skal styre seg selv eller om de skal styres av finansierende myndigheter.
Fra innsiden i UH-sektoren er det åpenbart at man ønsker størst mulig anledning til å styre seg selv. Ifølge Svein Stølen, som er rektor ved Universitetet i Oslo (UiO), vil en slik endring være en direkte trussel mot den frie forskningen og akademiske friheten som økonomien, samfunnet og demokratiet er avhengig av. Som valgt rektor er han automatisk også styreleder ved UiO og har i de to rollene selv det øverste ansvaret for forvaltningen av over 8 milliarder kroner (2018), der mesteparten av midlene kommer fra staten.
En åpenbar fordel med å skille styreleder og rektorrollen er at
