Introduksjon
Alle molekylærgenetiske analyser starter med frigjøring eller ekstraksjon av nukleinsyrer (DNA og/eller RNA) fra celler. Når nukleinsyrer er tilgjengeliggjort, kan en rekke nedstrømsanalyser utføres for å studere ulike parametere i DNA- og RNA-sekvenser. Avhengig av hva slags analyse som skal utføres, stilles det ulike krav til både renhet, integritet, konsentrasjon og mangfold av nukleinsyrer. Det er derfor viktig at ekstraksjonsprosessen vies nok tid og oppmerksomhet når nye metoder skal etableres, og at denne prosessen evalueres og optimaliseres for hver enkelt analyse og hvert enkelt prøvemateriale.
De senere årene har tarmens bakteriesammensetning, mikrobiota, fått mye oppmerksomhet. Mikrobiotaen ser ut til å ha betydning for utvikling eller persistens av ulike sykdommer og tilstander, som for eksempel matintoleranse, diabetes, kronisk inflammatoriske sykdommer og kolorektal kreft (1-3). Feces er et hyppig benyttet prøvemateriale fordi det er lett tilgjengelig uten invasiv prøvetaking. Tykktarmen er det mest bakterierike organet i menneskekroppen med 1012 bakterier per gram feces (4). Bakterier representerer 25-54 prosent av biomassen i feces, og humant DNA kun 0,1 promille av total DNA-mengde (5). Tilstedeværelse av humant DNA i feces kan blant annet benyttes som markør for økt celledeling og kolorektal kreft (6-8). Dersom man skal analysere både humant og bakterielt DNA fra samme prøveeluat, må man sørge for at metoden man benytter gir tilfredsstillende utbytte av begge varianter.
Bakteriene i feces domineres av bakterierekkene Firmicutes og Bacteroidetes (4). Bakterier i de to rekkene har ulik oppbygning av celleveggen. Firmicutes er klassifisert som gram-positiv og Bacteroidetes som gram-negativ. Gram-positive bakterier er hardføre og robuste sammenliknet med gram-negative bakterier. De er derfor vanskeligere å lysere i laboratoriet for å få frigjort DNA. Når man skal studere bakteriell diversitet i en prøve, må ekstraksjonsmetoden optimaliseres for jevn frigjøring av DNA fra alle mikrober i prøven, slik at man får et representativt bilde av bakteriesammensetningen. Det skilles ofte mellom alfadiversitet og betadiversitet ved studier av bakteriesammensetninger. Alfadiversitet tar høyde for både artsrikdom og relative mengder i et avgrenset miljø, gjerne i en biologisk prøve, mens betadiversitet betegner forskjellen mellom ulike miljøer, eksempelvis mellom biologiske prøver (9). Flere studier har vist at ulike metoder for DNA-ekstraksjon resulterer i forskjellig utbytte og diversitet, noe som i stor grad påvirker tolkningen av resultatene (10-12). Feces inneholder også en rekke substanser som kan hemme nedstrøm
